改编自贰瓶勉的同名漫画,《希德尼娅的骑士》是一部电视动画。在这个被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系中,只有少数人类幸存下来。为了生存,他们制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船“希德尼娅”,在宇宙中漂泊。
时值希德尼娅出航纪元1009年,地下层部培育的少年谷风长道因祖父去世而来到上层市区,进入了巨大人型兵器“卫人”的操控师训练学校,开始了他的第一次接触外界。他的第一个异性意识是星白闲,第一个朋友是无性别的科户濑伊札那,第一个让他意识到挫折的少年是岐神海苔夫。
在学校和各式各样的训练师一起度过日子的谷风长道,获得了首个任务。虽然这不是非常艰难的任务,但突然出现的奇居子让谷风长道和他的队友们不得不面对生死抉择。
一场关乎人类存亡的战斗由此开始。