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《代号17》讲述一名10岁的女孩搬到北海道开始和自己父亲居住的故事。在学校的17十分平静，而且性格比较孤僻，和同学们也很少有往来。一天晚上，17母亲的飞碟意外坠毁在森林附近的公寓。得知事情的17急忙来到森林附近的公寓，却见到了不可思议的一幕。在船上有正在孵化的异形，还有各种奇形怪状的生物，正当17想要上前查看时，意外事件发生了。

17回到家中，发现自己已经拥有了超能力，她的破坏能力变得极强。与此同时，自己身边出现了一个和自己长得一模一样的人，而且这个人有能力转变成为Figure 17。17在此时听到了自己身体里的呼唤，知晓自己的使命是对抗外星生物。从此一个重大的使命肩负在了17的肩上，她开始为了达成目标不断努力，扛起保护地球的重任。