故事背景是完全虚构的一个玄幻世界在那个世界中，自远古时代开始，人死后的灵魂就会被“过去神”邦特拉封在“书”中，收藏在地下的邦特拉图书eee神离开人类后，图书馆便交由人类管理，代理邦特拉掌管图书馆的人们，则被称为武装司书!武装司书们拥有各种特殊能力，比如制造蚁群、透视未来、让时间静止等。而走出图书馆的迷宫、还有打倒守护图书馆的魔物这两件事是成为武装司书的条件。在众多的武装司书当中，拥有最强实力的司书就会成为邦特拉图书馆的代理馆长。除了他们之外，还有同样拥有特殊能力、却不被人们当作人类看待的由神溺教团制造出来的“战斗道具”。不少罪犯也会因个人目的搜集、私藏及滥用“书”，其中神溺教团为了他们的教义，无视别人的生命，夺取他人的“书”，并不断与武装司书展开对抗。故事围绕着战斗司书们与“战斗道具”之间的战斗而展开。出生在这个世界中，被夺走了记忆与思考的能力、胸中还被植入了炸弹的少年克里欧·东尼斯，他和另外两个人来到了位于托亚托矿山的藏书地，因为他的生存目的便是杀死世上最强武装司书——哈缪丝·梅瑟塔。然而，他却对一本关于一位美丽公主的“书”一见钟情。以杀死哈缪丝为目标而潜入的暗杀者们与哈缪丝的战斗开始了，坠入爱河的克里欧也被卷入了事件的旋涡中心……
