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　总人口达230万人，位于东京西部的巨大都市在人口约8成是学生而因此被称作学园都市的这座都市中，实施着引发扭曲世界法则的超常现象之力——超能力的开发。　　接受特殊的课程Curriculum、获得能力的学生们，经由定期的身体检查System Scan，得到从无能力Level 0到超能力Level 5的6阶段评价。　　而立于其顶点、被赞誉为最强的，则是7名超能力者。　　其中之一的御坂美琴。　　自由操纵电力的电击使Electromaster最上位能力者，别名超电磁炮Railgun的她，是就读于名门贵族女校·常盘台中学的14岁女子中学生。